城市污水经一级或二级处理后，水质大大改善，细菌含量也大幅度减少，但细菌的绝对数量仍很可观，并存在有病原菌的可能。因此在排放水体前或在农田灌溉时，应进行消毒处理。污水消毒应连续运行，特别是在城市水源地的上游，旅游区，夏季或流行病流行季节，应严格连续消毒。非上述地区或季节，在经过卫生防疫部门的同意后，也可考虑采用间歇消毒或酌减消毒剂的投加量。

污水消毒的主要方法是向污水投加消毒剂。目前用于污水消毒剂有液氯、臭氧、次氯酸钠、紫外线等。